Hola Pedro, la opción más razonable para trasladarse de Phnom Penh a Siem Reap es en autobús. Los tienes nocturnos si los prefieres, aunque yo opto por la opción de viajar en minibús durante el día con las compañías que hacen la ruta directa y tan sólo una parada, como es el caso de la compañía THERO Express, en las que puedes mirar los horarios e incluso hacer la compra por internet en la siguiente dirección
http://www.theroexpress.com/ Además, suelen ofrecerte la posibilidad de recogerte en el hotel y trasladarte hasta la dirección de la que parte el autobús. Los precios suelen rondar los 8$. Por otra parte, y si dispones de tiempo, yo recomendaría hacer la etapa en dos días para visitar Kompong Luong y sus poblados flotantes, o Battambang y sus alrededores: Phnom Sampeau, el tren de bambú y las Bat Cave. Te dejo un enlace de nuestro blog que habla de los transportes en Camboya elmundoconella.blogspot.com.es/2015/09/camboya-2015-informacion-util.html por si te es de utilidad. Además, puedes consultar la información publicada de Battambang, Phnom Penh o Siem Reap.